L'espèce est citée dans la Bible : « Un homme pur prendra de l'Hysope, qu'il trempera dans cette eau, et il aspergera sur la tente, sur tous les vases et sur les personnes qui y étaient, et sur celui qui aura touché à un os, à un assassiné, à un mort ou à un sépulcre. »

L'hysope est une plante potagère en tant que plante condimentaire. Ses feuilles, fraîches ou séchées, sont utilisées, finement hachées, pour aromatiser les crudités et salades, les farces pour le porc, l'oie ou le canard, mais aussi dans les sauces et les soupes. Ses fleurs relèvent agréablement le goût des salades et des légumes.

Elle entre aussi dans la composition de certaines liqueurs, du pastis, de l'eau de mélisse, de l'absinthe suisse. C'est l'un des éléments essentiels de l'élixir de la Grande-Chartreuse, de la bénédictine. L'hysope a pu aussi servir d'agent aromatisant lors du brassage de la bière.

L’huile essentielle d'hysope est interdite en vente libre car elle est neurotoxique et abortive. Cependant, on retrouve l'huile d'hysope dans une liste d'additifs dans les cigarettes. L'hysope est une plante médicinale. Toutes les parties de la plante sont utilisées pour différentes indications thérapeutiques : antiseptique, stimulante, stomachique et expectorante.

Les différentes utilisations traditionnelles : Pour stimuler la digestion (aromate), pour aider à l'évacuation des gaz intestinaux (carminatif), comme tonique pour fortifier et soulager les muqueuses des voies respiratoires et des voies gastro-intestinales, comme expectorant pour soulager la toux et autres affections des poumons, pour fortifier le système respiratoire (pectoral), pour réduire la fièvre (Antipyrétique), pour induire la sudation (diaphorétique).